持續旅行的小智皮卡丘一行，訪問了流傳著「波導傳說」的城鎮。在城市的中心奧蘭多城，舉行著數百年前使用了<世界創始之樹>的力量中止紛爭的 “波導之勇者——亞倫”的祭典。小智與皮卡丘決定參加今年勇者對戰。激烈的戰鬥之後，獲得了冠軍的小智當選為“波導之勇者”。城中舉辦了慶祝優勝者的盛大宴會。突然幻之寵物小精靈“夢幻”出現。然而夢幻卻帶著皮卡丘消失了身影。與此同時，“迷之寵物小精靈”「魯卡利歐」數百年前的封印被解開，在小智面前顯現了身影的！皮卡丘在哪？夢幻的目的是什麼？還有，隱藏在魯卡利歐身上的過去和波導傳說的祕密是什麼？帶著所有謎團，小智與魯卡利歐一起向著<世界創始之樹>開始了冒險。